Phân hiệu Trường Đại học Giao thông Vận tải tại TP. Hồ Chí Minh được thành lập theo quyết định số 2419/QĐ-BGDĐT ngày 15 tháng 07 năm 2016 của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo trên nền tảng Cơ sở II (được thành lập theo Quyết định số 139/TCCB ngày 27/04/1990 của Bộ Giáo dục và Đào tạo). Phân hiệu là một bộ phận cấu thành quan trọng của Trường Đại học Giao thông Vận tải trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo.