Trung tâm GDTX huyện Phù Yên bắt đầu giảng dạy từ năm 2005, với phương châm giáo dục toàn diện, ngoài các khóa học văn hóa, khóa học nghề, trung tâm tích cực tổ chức các hoạt động ngoại khóa, các câu lạc bộ, các cuộc thi và các bài giảng chuyên đề, nhằm giúp các em học sinh phát triển toàn diện, nâng cao kiến thức ở nhiều lĩnh vực khác nhau. Hằng năm, trung tâm đào tạo hàng trăm học sinh, các em đều đạt thành tích cao trong kỳ thi THPT.