Trường Đại học Phú Yên là trường đại học đào tạo đa ngành, đa cấp, đa lĩnh vực, đáp ứng nguồn nhân lực có chất lượng cho sự phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh Phú Yên và cả nước. Trường Đại học Phú Yên phấn đấu trở thành trường đại học có uy tín, trung tâm nghiên cứu, chuyển giao công nghệ thuộc tốp đầu ở khu vực Nam Trung Bộ - Tây Nguyên. Hệ thống ngành đào tạo của Trường Đại học Phú Yên chủ yếu thuộc các nhóm ngành: Sư phạm, Kỹ thuật – Công nghệ, Nông nghiệp, Kinh tế, Khoa học Xã hội – Nhân văn, Khoa học Tự nhiên và Ngoại ngữ.