Trường Cao đẳng Y tế Phú Yên có tiền thân là Trung học Y tế Phú Yên thành lập năm 1991. Đến năm 2014, trường được nâng cấp và đổi tên như hiện nay. Sứ mệnh của trường là đào tạo nguồn nhân lực y tế có chất lượng theo chuẩn năng lực ASEAN đáp ứng nhu cầu xã hội, hội nhập quốc tế. Tạo môi trường học tập bình đẳng và hiệu quả, lấy chất lượng làm thước đo, mục tiêu tồn tại, phát triển. Đào tạo người học giỏi kiến thức, thành thạo kỹ năng, thái độ chuẩn mực, thân thiện và học tập suốt đời.